La Junta Directiva es el principal órgano de decisión de la Federación y el encargado de representar los intereses del colectivo.
La elección de la Junta Directiva recae en la Asamblea General de socios. En enero de 2021 se realizó una renovación parcial de la Junta Directiva constituyéndose de la siguiente forma:

- Presidente
- Andrés Álvarez
- Parkinson Madrid

- Vicepresidente
- Leopoldo Cabrera
- Parkinson Madrid

- Secretario
- Blas Rubén Herrador
- Párkinson Andújar

- Tesorera
- Bárbara Gil
- Párkinson Valencia
Vocalías

- Concepción Bermúdez
- Párkinson Alcobendas y SS de los Reyes

- Mª Ángeles González
- Párkinson Toledo

- Lola Garzón
- Párkinson Bahía de Cádiz

- Mª Angustias Díaz
- Párkinson Granada